科技平台和试验基地是开展科技创新、成果转化和交流合作等活动的重要场所和必要条件。研究所按照“顶层设计、长远规划、强化优势、补齐短板、优化管理”的思路，加强平台条件建设投入，扎实推进实验室、重大设施、技术支撑平台、资源开放共享平台、试验基地等科技条件体系建设，为推动学科发展、提升自主创新能力、保障各项科研活动顺利开展提供了重要的条件支撑。

生物所现有13各类各级研究平台，包括1个国家重大科学工程（共建），3个部级重点实验室，1个部级监督检验测试中心，1个北京市重点实验室（共建），1个北京市中关村开放实验室、3个院级研究平台。此外，还组建了农业生物技术公共平台中心、农作物表型组重大设施等技术支撑平台；创建水稻和玉米EMS突变体库、水稻新型RNAi突变体库、玉米栽培种质资源库、水稻表观智能数据库等资源开放共享平台。建成2个综合性和7个专业试验基地，满足了南繁北育和区域特色生物育种需求。

在国际合作平台方面，生物所与国际水稻研究所、巴西农牧业研究院、巴基斯坦木尔坦穆罕默德·纳瓦兹·谢里夫(MNS)农业大学等国际科研机构，建立了光合作用提升与C4水稻创制、棉花生物技术等4个联合实验室，为开展国际合作科研创新与交流提供了平台支撑。